对于业绩亏损的原因，三元方面解释为，一方面原辅材料价格上涨导致公司产品成本上升，另一方面，受市场因素影响，产品毛利率下降，投资收益同比下降，导致净利润减少。
 

　　尽管2008年因未被检测出含有三聚氰胺，在蒙牛、伊利、光明当年出现大幅亏损的情况下，三元实现盈利4076万元。然而，三元的发展似乎并不那么顺利：一方面，2009年对三鹿的蛇吞象让其背负了巨大包袱，以至于当年其实现归属于母公司所有者的净利润为-1.28亿元，这样的状态一直维持到2010年四季度才好转，但仅过了一年，2012年起净利再度出现下滑，去年一季度更是出现季度亏损，净利仅为-1254万元。
 

　　值得注意的是，为了弥补奶源紧张导致的成本上涨，三元还率先对旗下液态奶调价，从而引发光明、蒙牛等跟风，但从昨日的业绩预报来看，提价并没有弥补三元的亏损。值得一提的是，虽然三元将业绩下降原因归结为原材料价格上涨进而增加生产成本，但同样受困这一问题的蒙牛和等其他乳企却一直保持业绩增长的状态。
 

　　对此，中国奶业协会理事陈瑜表示，作为一家立足于北京市场、主打巴氏奶的区域乳品企业，三元一直试图突破区域、做全国市场，但近年来随着蒙牛、伊利围攻北京市场，三元陷入市场接连失守的困境。加之原奶供应紧张的整体环境，三元可谓腹背受敌，不排除再度涨价以缓解业绩的可能性。