从近年来个税分项目收入结构看，个税的收入来源高度不均衡，工资、薪金所得的比重偏高，比如2008年，工资、薪金所得占个税总收入的60%以上，2009年达到62.87%，此种不合理结构至今并未改变。说个税已经沦为工薪税，并非言过其实。工资和薪金成为个税的主体，凭直觉而论，肯定是不公平的。中国有为数不少的富人，他们的综合收入很高，但他们并不拿工资薪金，他们的有些所得无法归入个税法的应税收入种类，因而可以不缴纳个税。事实上，工资和薪金所得，正是一个人的勤劳所得，勤劳所得成为以调节收入分配为重要功能和目的的的个税的主要部分，而一些不必通过勤劳而综合收入很高的人却不必缴个税或者少缴纳个税，即使缴纳个税也是实行与工薪所得累进税不同的比例税。这种状况不但不可能达到调节分配的目的，而且形成事实上的逆淘汰。另外，我国个税还存在扣除标准“一刀切”因而无法体现“量能纳税”原则等不公平不合理的弊端。
个税不公平的症结 ，在于征管成本。当初在立法设计个税时受征管成本限制而采取分类所得税，而今的改革也受征管成本的限制而迟迟不能启动。
个人所得税主要有分类制和综合制两类，另外还有一类就是介入两者其间的分类与综合相结合的所得税。分类所得税的优点是征管成本较低，征收的效率较高，但存在严重的公平问题，不能体现量能负担原则；综合所得税的优点是设计公平，不但能够保证财政收入，而且能够体现量能负担，还有其他一些能够体现公平的优点，缺点是征管成本较高，要求有较高的征管水平。
在综合制所得税制度下，收入或所得是这样定义的：美国经济学家罗伯特·黑格认为，任何“能够使两个时点间个人经济状况好转的货币价值的净增加”都可以称为收入，亨利·西蒙斯则将收入定义为“个人在一段时期内的消费与积累之和”。这两个定义的本质是一样的，因而被称为“黑格—西蒙斯定义”。按照这种定义，收入或所得，主要针对的是纳税人的收入总量，而不是取得收入的来源和性质等其他因素。分类所得税对于收入或所得的定义则与此不同。分类所得税将收入分为不同的种类，对于不同的种类实行不同的税收政策，或者征税，或者免税，或者低税，或者重税，或者实行比例税率，或者累进税率。除了对收入采取不同对待方式外，综合所得税和分类所得税对成本与费用的扣除办法也不同，造成的后果更是大不相同的。在综合所得税制下，将个人所有收入进行综合统计，扣除必要的费用和成本后的净所得，才是应税的所得；而在分类所得税下，既不会综合考虑所得，当然也不会综合考虑费用或成本，其扣除只是在符合纳税的各类所得中分别考虑。假设一个穷人得到一笔收入，在综合所得税下，经过综合考虑其他收入以及费用，这笔收入可能不必纳税；但在分类所得税制下，如果这笔收入属于应税的种类，则必须纳税。同样，一个富人，得到一笔收入，在综合所得税制下，经过综合计算，不但要纳税，可能还必须在较高的税率上纳税，但在分类所得税制下，如果这笔收入并不属于应税的种类，则根本不必纳税。
我国实行分类所得税，主要原因是分类所得税征收管理简单方便，与中国低水平的征管水平相适应。分类所得税主要是源泉扣税 ，即由支付资金的一方代扣代缴。源泉扣税对于工资薪金的所得税来说，尤其简便易行。只要发工资的单位代扣代缴即可，税收征管机关以不多的投入，即可管理数量庞大的纳税人群体。这也是为什么工资薪金成为个税最大宗的原因。如果采取综合所得税，则必须实行自行纳税申报制，每个纳税人都必须将自己的收入向征管机关申报，征管机关对每个纳税人的收入都必须有详尽的档案信息，对收入进行核查核实。这样，税收征管的成本和管理水平都很高。因为中国不具备这样高的征管水平，也无法支付如此高昂的征管成本，因此，当初设计个税的时候，只能选择代扣代缴制的分类所得税。
分类所得税的弊端有目共睹，进行改革是大势所趋。但改革的步伐却匪夷所思地迟缓。请容许引用一组冗长的材料：1996年，八届人大四次会议《国民经济和社会发展“九五”计划及2010年远景目标刚要》：“建立覆盖全部个人收入的分类与综合相结合的个人所得税制 ”；2001年，九届人大四次会议《国民经济和社会发展第十个五年计划刚要》：“建立综合与分类相结合的个人所得税制度”；2003年，中共十六届四中全会《关于完善社会主义市场经济体制的决定》：“改进个人所得税，实行综合和分类相结合的个人所得税制”；2006年，十届人大四次会议《国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》：“实行综合和分类相结合的个人所得税制度”；2011年十一届人大四次会议《国民经济和社会发展第十二个五年计划规划纲要》：“逐步建立健全综合与分类相结合的个人所得税制度，完善个人所得税征管机制”；2013年，中共十八届三中全会《决定》：“逐步建立综合与分类相结合的个人所得税制”。从1996年起，从八届人大到十一届人大，从“九五”规划到“十二五”规划，一直都在承诺建立分类与综合相结合的个税制度，但至今仍然没有实质的举措。其最为根本的原因，当与目前税收征管的水平偏低而因改革可能导致的征管成本太高有关。
个税因为存在巨大的不公平不合理，改革已是时不我待，为征管效率而牺牲税收公平性的做法，必然还会产生越来越高的政府道德成本和政治成本。
