1、游戏的故事背景设定在距今1000年的未来世界，地点为东京新宿。人类的文明已经荒废，取而代之的是横行世界的魔物2、主角唯一溺爱的妹妹身染 黑纹病 ，为了寻找拯救的方法，尼尔不遗余力四处奔走。在抵抗魔物的过程中，出现了能让尼尔获得神奇力量的 黑之书 与 白之书 ，两者是相对的力量。3、为了拯救妹妹，尼尔不惜手染禁忌的力量。在旅途中，黑之书对白之书所说的一句 我们的王的意志 耐人寻味，似乎指某个非常强的敌人。不过尼尔还是带着这些疑惑上路了。　　某天，一群魔物开始攻击尼尔居住的村子，抢走了约娜。率领这些魔物的恰是黑之书所说的 我们的王 。而此时，黑暗之王想消灭白之书，予以致命一击，但是尼尔用自己的身躯挡住了这次进攻。随后便爆发了尼尔与黑之书的战斗。魔王为何要抢走约娜，难道她的身上隐藏着什么秘密吗 4、拥有把看到的物体变为石头特殊能力的埃米尔露面。不过他可能要用他的神奇能力把她的朋友凯宁变为石头。不知是为了守护什么秘密，凯宁想把某物封印，因此她希望埃米尔能将其变为石头以便永守这个秘密。