20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为 炼金之星 的组织，其成员之一的 高山我梦 ，作为 XIG 的一员，靠大地给予的 红光 变身成 盖亚 奥特曼 后，投入了同CRISIS计算机所预测到的 根源性灭亡招来体 进行的誓死决战中；另一方面，已脱离 炼丹之星 的 藤宫博也 坚定地认为：对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着 蓝光 的威力，变身成与 盖亚 相对立的 蓝色奥特曼--阿古茹 奥特曼 。　　作为日本平成年度 奥特曼 三作品的 压轴戏 ，盖亚 奥特曼其最大的变化在于 盖亚和阿古茹 这二个敌对、且都为地球人出生的 人类奥特曼 的登场。当然，他俩的战斗场面也属前所未闻。同时，二人的对立观点自始至终贯穿全剧，由此，该作品除了每集都有个故事之外，整个剧情更具连续性。