盐酸米诺环素主要用于立克次体病、支原体肺炎、淋巴肉芽肿、下疳、鼠疫、霍乱、布氏杆菌病（与链霉素联合应用）等。对大肠杆菌、产气杆菌、
志贺杆菌、流感嗜血杆菌、克雷白杆菌等敏感菌株所致的系统或局部感染也可应用。此外、对淋球菌、梅毒和雅司螺旋体、李司忒菌、
梭状芽胞杆菌、炭疽杆菌、放线菌、梭杆菌所致感染，当患者不耐青霉素时，可考虑用本品（或其他四环素类）。对于链球菌的敏感
菌株所致感染也可考虑用本品。
至于金黄色葡萄球菌则大部分菌株对本类药物耐药。此外，本品尚可用于阿米巴病的辅助治疗。