影响永磁筒式磁选机工作的因素较多，除了底箱型式、磁系结构、磁场特性之外，还有磁系偏角、工作间隙、分选浓度与圆筒转速等等。 磁系偏角如果不适当将会明显影响分选指标。所谓磁系偏角就是磁系弧面中心线与圆筒中心垂直线的夹角。磁系偏后尾矿品位低，但大偏后时，由于精矿不能提升到精矿端脱落，反而使尾矿品位升高。若磁系偏前，则使精矿提升过高，扫选区减短，也使尾矿品位升高，所以磁系偏角应调整到适中位置。
粗选区圆筒表面到底箱底板之间距离称为工作间隙。工作间隙的大小要影响到分选的效果。间隙大，矿浆的流量亦大，有利于提高处理量，但由于离圆筒表面较远，磁场强度较低，所以会使尾矿品位升高，降低金属回收率。反之，若工作间隙小，则增大磁场力，会使精矿品位降低，但回收率可以高些。若工作间隙太小，矿浆流速会过快，使矿粒来不及吸到圆筒表面就被矿浆流带到尾矿，将造成尾矿品位升高，甚至会使尾矿排出困难，出现“满槽”现象。因此在磁选机的安装与维修时要注意保证合适的工作间隙。
分选浓度的大小决定一定矿量的矿浆流速，影响矿粒的分选时间。浓度高，流速慢，阻力大，精矿中易夹杂脉石，降低精矿质量。但由于选别时间较长，对回收率有利。反之，若分选浓度低，精矿品位可以高些，而尾矿品位也会增高，使回收率降低。圆筒转速的大小对选别指标也有影响，转速低、产量低。转速高，矿粒所受离心力大，单位时间内磁翻作用增加，精矿品位与处理能力都高，而回收率则降低。在实际操作中，调节给矿的吹散水与精矿的冲洗水很重要。吹散水太大，矿浆流速过快，会使尾矿品位增高。反之，吹散水小，会使矿粒不能充分松散而影响分选效果，使尾矿品位升高，精矿品位降低。
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